Abdul Matin dan Johar Hassan telah ditahan polis Malaysia pada 1 April 2009 di bawah Akta Keselamatan Dalam Negeri (ISA). ICJ Sidney Jones dari International Crisis Group (ICG) menyatakan rangkaian JI di Malaysia serta Johor masih aktif.Menteri Dalam Negeri Datuk Seri Hishammuddin Tun Hussein menafikan kedudukan, rangkaian dan peranan militan JI di Johor.[21]

Pada 1 April 2009, sepasukan Cawangan Khas PDRM berjaya menangkap semula Mas Selamat di Johor hasil pertukaran maklumat antara Malaysia, Indonesia dan Singapura. Mas Selamat mempunyai ramai sanak-saudara di Skudai, kira-kira 20 km dari Johor Bharu. Dia ditahan di bawah Akta Keselamatan Dalam Negeri dan ini bermakna sebarang kesalahan lampau tidak akan dibicarakan. Ketika operasi , jiran terdekat, Mohd Saad Marjo, 57, menceritakan 40 anggota polis bertopeng dari unit anti-pengganas Unit TindaKhas Pasukan Gerakan Khas menyerbu rumah itu di Kampung Tawakal. Pintu rumah diketuk. Seorang lelaki bergari dan bertutup muka di bawa keluar.[22]

Setakat ini Mas Selamat belum dihantar ke Kem Tahanan Kamunting, Taiping.[23]

Wong Kan Seng selaku Menteri Hal Ehwal Dalam Negeri Singapura merangkap Timbalan Perdana Menteri Singapura menyatakan Mas Selamat akan dipindahkan semula ke pusat tahanan lamanya. [24] Sebetulnya pihak Malaysia mahu berita penangkapan ini dirahsiakan agar siasatan dan tangkapan lain dapat dibuat.